Panathinaikos U20 is de jeugdafdeling van de Griekse voetbalclub Panathinaikos. Het team speelt in de Super League 2, het tweede niveau van het Griekse voetbal. De thuisbasis van Panathinaikos U20 is het Apostolos Nikolaidis-stadion in Athene.

Panathinaikos U20 is een van de meest succesvolle jeugdelftallen in Griekenland. Het team heeft het Griekse kampioenschap U20 een recordaantal van 10 keer gewonnen, de laatste keer in 2019. Panathinaikos U20 heeft ook de Griekse beker U20 een recordaantal van 9 keer gewonnen, de laatste keer in 2018.

Enkele van de meest opvallende spelers die hun carrière bij Panathinaikos U20 zijn begonnen, zijn Giorgos Karagounis, Kostas Katsouranis, Angelos Basinas en Dimitrios Papadopoulos.